Deze versie ondersteunt het uitpakken van 7-Zip-archieven gemaakt met het LZMA2-algoritme. 

Deze versie ondersteunt het uitpakken van .tar.bz2-archieven die bestaan uit meerdere kleinere bz2-stromen die zijn samengevoegd. Eerdere versies pakten alleen het eerste geneste bz2-stroom uit in zulke samengestelde archieven. 

Fouten verbeterd:

a) WinRAR 3.90 gaf de knop "Opslaan" weer in plaats van "Openen" of "OK" in het dialoogvenster "Archief zoeken" (bereikbaar via de opdracht "Archief openen" in het menu "Bestand" en daarna de opdracht "Bladeren..." in het dialoogvenster "Archiefnaam en -parameters"); 
b) WinRAR gaf mogelijk verkeerde bestandsnamen weer tijdens het bladeren door foutieve ZIP-archieven; 
c) WinRAR 3.90 was niet in staat om LZH-archieven met het "-lh7-"-algoritme uit te pakken; 
d) WinRAR 3.90 was niet altijd in staat om een deel van bestanden te verwijderen na het archiveren als de optie "Verwijderen naar prullenbak" was ingeschakeld. Deze fout deed zich voor in Windows XP, maar niet in Windows Vista en Windows 7; 
e) Bij het uitpakken van een ISO-bestanden door middel van de WinRAR-opdracht "Bestanden uitpakken..." vanuit het contextmenu van Windows Verkenner was het mogelijk dat WinRAR dezelfde gearchiveerde bestanden tweemaal ging uitpakken tijdens dezelfde handeling. Hierdoor werd er gevraagd om bestanden te overschrijven op het moment dat de bestanden voor de tweede keer werden uitgepakt;
f) Bij het hexadecimaal zoeken in de opdracht "Zoeken" van WinRAR 3.90 en de opdracht "ih" in de console-RAR gaf geen resultaten terug indien de eerste byte in de zoektekst een waarde had groter dan 127.

Een wachtwoord wordt vanaf heden slechts eenmalig gevraagd bij uitpakken vanuit het contextmenu van 7z-archieven met versleutelde bestandsnamen. WinRAR 3.90 vroeg tweemaal om het wachtwoord. 

WinRAR geeft de CRC32-waarde weer van bestanden in normale .gz-archieven (niet .tar.gz-archieven). Eerdere versies lieten dit veld leeg voor GZIP-bestanden.